Sí. En general, esto se debe a diferencias en el genotipado, es decir, en el proceso de identificación de las variaciones genéticas de cada individuo. Estas diferencias pueden ocurrir naturalmente, debido a limitaciones en la técnica de análisis o incluso debido a una recolección de ADN inadecuada.
La recolección de ADN con contaminantes o una cantidad pequeña de material recolectado, por ejemplo, pueden interferir con el análisis. En estos casos, es posible que las muestras no identifiquen variaciones genéticas o deban someterse a un nuevo análisis o recolección de la muestra. La metodología de análisis también puede estar asociada con diferencias de genotipado.
Al tratarse de un proceso químico, algunos factores específicos, como diferencias en el lavado de los chips de análisis o problemas en la unión del ADN con la sonda, pueden influir en la resolución de las muestras.